已分居，未离婚？补办户口簿

结婚证与户口簿都是可以补办的。至于你们夫妻虽未离婚但已经分居的情形来看，你们夫妻俩来有没解开的结。在这种情况之下补办结婚证（是需要夫妻双方到远登记结婚的婚姻登记处去补办的）夫妻的矛盾尚未解决，你的妻子不到场也是不好补办的。所以建议你：还是和妻子好好谈一谈，解开夫妻间的矛盾才是理顺后续问题的关键。